高盐度废水处理工艺采取的整体工艺流程为：废水首先经过调节池，然后经过物化的预处理（通常采用调节pH值、混凝、沉淀、电解、微电解等方法），而后加入预先培养好的嗜盐菌进行生物处理。
高盐度废水处理工艺的生物处理工艺：
废水的生物处理是指利用自然界广泛存在的大量微生物氧化、分解、吸附废水中有机物从而净化废水的方法。
生物降解不仅能氧化分解一般的有机物并将其转化为稳定的无机物，而且还具有转化有毒有害有机污染物的能力，是有机化合物在自然界中去除和再循环的重要途径和方式。
1、SBR及其改良工艺
序批式活性污泥法及其改良工艺是一种不同于传统活性污泥的废水处理工艺，结构形式简单，运行方式灵活多变，有较强的抗冲击负荷能力，具有连续流系统不能比拟的优点。
2、生物接触氧化工艺
生物膜法具有较强的抗毒性和耐冲击负荷能力，可以维持较高的污泥龄，生物相相对稳定，容积负荷较高，水力停留时间较常规活性污泥法大为缩短。有研究结果表明，盐度和有机负荷对系统有明显的抑制作用，要保持较好的出水水质，需控制盐度和有机负荷。
3、传统活性污泥工艺
传统活性污泥法是普遍采用的生物处理方法之一，通过活性污泥的驯化过程培养出具有良好有机物降解性能的耐盐微生物是处理高盐有机废水的重要前提。有研究发现，在高盐度环境中生物活性和有机物去除率均有提高，微生物生长没有受到抑制，相反促进了一些嗜盐菌的生长，使反应微生物浓度增加，也提高了污泥的絮凝性。
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